廢水的生物性指標有細菌總數、大腸菌群數、各種病原微生物和病毒等。醫院、肉類聯合加工企業等廢水排放前必須進行消毒處理，國家有關污水排放標準對此已經作出了規定。污水處理廠一般不對進水中的生物性指標進行檢測和控制，但對處理后的污水排放之前要進行消毒處理，以控制處理污水對受納水體的污染。如果對二級生物處理出水再進行深度處理后回用，就更需要在回用前進行消毒處理。