MBR膜生物反應器的缺點主要表現在以下幾個方面：

1膜造價高，使基建投資高于傳統污水處理工藝;

2 膜污染容易出現，給操作管理運營維護帶來不便;

3 能耗高：首先 MBR 泥水分離過程必須保持一定的膜驅動壓力，其次是 MBR 池中 MLSS 濃度非常高，要保持足夠的傳氧速率，必須加大曝氣強度，還有為了加大膜通量、減輕膜污染，必須增大流速，沖刷膜表面，造成 MBR 的能耗要比傳統的生物處理工藝高。

4控制程序較為復雜，對管理操作人員的要求較高。