1 生物污染

MBR膜長期浸泡在活性污泥中，在復雜的環境下難免會滋生出各種微生物。同時系統內部的污泥存儲時間較長，污泥本身的顆粒以及沉降性都不夠理想，這就容易造成生物黏泥現象，繼而導致膜本身所承受的阻力較高。

2無機污染

所謂的無機污染實際上是指液體中所存在豐富無機鹽物質使得膜表面出現結垢現象，就實際的觀察情況而言，盡管膜絲表面會形成一定的無機鹽結垢，但是在清洗的過程中也不會造成太多的不便，不會對膜通過量造成重大的影響。

3有機污染

就相關統計數據表明，MBR膜的系統進水油含量不應高于20mg/L，而就實際污水情況而言，造成膜污染的主要有機物為石油類物質，特別是一些不具有生物降解的重油以及污油。